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重慶醫(yī)藥工業(yè)研究院成立于1950年，是西南地區(qū)主要從事化學藥物研究開發(fā)的專業(yè)研究開發(fā)的高科技型企業(yè)。2001年，作為重慶市首批改制科研院所之一，由上海復星醫(yī)藥產(chǎn)業(yè)發(fā)展有限公司與重慶化醫(yī)控股（集團）公司合資組建成立重慶醫(yī)藥工業(yè)研究院有限責任公司(以下簡稱“重慶醫(yī)工院”)。2019年9月，重慶藥友制藥有限責任公司全資控股重慶醫(yī)工院。

重慶醫(yī)工院被認定為國家級高新技術(shù)企業(yè)、國家級企業(yè)技術(shù)中心（復星醫(yī)藥所屬）、國家知識產(chǎn)權(quán)優(yōu)勢企業(yè)、重慶市創(chuàng)新型企業(yè)、重慶市化學制藥工程技術(shù)研究中心、重慶市新型藥物遞釋系統(tǒng)工程技術(shù)研究中心、重慶市博士后科研工作站。